机构性质不同

中国科学院是中国自然科学的最高学术机构，最高科技咨询机构，是中国自然科学和高技术的综合研究开发中心。是国家最高科技咨询机构。负责为国家科技发展规划、计划和重大科技决策提供咨询意见。

中国工程院是中国工程技术领域的最高荣誉和咨询学术机构，是国务院直属事业单位。具有较高工程科学技术水平和国际声誉，为我国工程科学技术发展作出贡献或在促进我国工程科学技术国际交流中发挥重要作用的外国专家，可以提名和当选为中国工程院外籍院士。

科学成就不同

中国科学院提出建设国家创新体系的思想，先后实施了知识创新工程、“创新2020”和《"率先行动"计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新2050科学技术与中国的未来》等战略研究报告。

中国工程院先后开展了博士生联合培养试点，开展了教育部工程科技人才培养专项研究项目、工程科技人才培养研究项目、国际工程科技发展战略高端论坛等。在工程科学技术方面做出重大的、创造性的成就和贡献，热爱祖国，学风正派，品行良好。

中科院

中国科学院(ChineseAcademyofSciences)成立于1949年11月，是中国自然科学最高学术机构、最高科学技术咨询机构、中国自然科学和高技术综合研究开发中心。

中国科学院提出建设国家创新体系的思想，先后实施了知识创新工程、“创新2020”和《“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新2050：科学技术与中国的未来》、《科技发展新态势与面向2020年的战略选择》等战略研究报告。

2021年11月中科院官网显示，该院拥有11个分院，100多个科研院所，3所大学(中国科学院大学、中国科学技术大学、上海科技大学)，130多个国家重点实验室和工程中心，68个国家野外观测研究站，20个国家科技资源共享服务平台，承担30多个国家重大科技基础设施的建设和运营，正式员工6.9万人。建立了完整的自然科学学科体系，物理、化学、材料科学、数学、环境与生态、地球科学等学科整体水平进入世界先进行列，部分领域也进入世界第一方阵。成为解决关系国家全局和长远发展重大问题不可替代的国家战略性科技力量。一批科学家在国家重大科技任务中发挥了关键和骨干作用，作为中国科技界的代表活跃在国际科技前沿。2019年9月，经党中央批准，十九届中央第四轮巡视将对中国科学院党组织开展常规巡视。

工程院

中国工程院(英文名：ChineseAcademyofEngineering)于1994年6月3日在北京成立。是中国工程技术领域的最高荣誉和咨询学术机构，国务院直属事业单位。

中国工程院先后开展了博士生联合培养试点，开展了教育部工程科技人才培养专项研究项目工程科技人才培养研究项目《中国制造2025》，举办了工程科技发展战略国际高端论坛、中国项目管理论坛、冶金与材料工程学术会议等论坛会议。