荔枝疫病的综合防治应以农业防治和化学防治为主。在栽培防病的基础上，根据病害的发生和特点，选择高效农药及时防治，可采取以下措施：

1.改变过去荔枝粗放经营的习惯，采取科学的栽培管理措施。加强果园管理，改善荔枝生长环境，降低果园湿度，减少病害初侵染源，提高植株自身抗病能力。在田间管理上，要科学用肥，主要通过施用鸡粪、猪粪、土杂肥等有机肥，改善荔枝园土壤理化性状，使土壤疏松透气；尿素、硫酸铵、氯化钾、过磷酸钙等肥料可作为追肥施用，及时补充植物所需的各种养分。同时，做好果树的修剪和修剪工作，彻底剪除病虫枝和过于密集的枝条，使树冠通风通透，减少病虫源。

2.清理果园，减少初侵染源。果实采摘后，结合修剪，将树上的枯枝、阴枝烧掉，然后用0.3-0.5波美度的石灰硫磺混合液喷洒1次(治荔枝瘿蚊用)，或用600-800倍的90%磷酸乙酯可湿性粉剂喷洒。喷洒时，树冠下的地面一般也要喷洒。

3.化学控制是关键。这是控制荔枝疫病发生，减少危害，赢得荔枝优质高产的中心环节。据调查预测，在病害严重的果园，特别是3-4月连续下雨时，要在春梢期和蕾期各喷一次药，保护幼叶和花穗；从坐果后的幼果期开始，每隔15天喷施一次，直至采收。一般果园，在幼果期和果实成熟前15-20天喷施一次。如遇连阴雨，要抢清和喷药。荔枝果实成熟期是病害易发期，要密切注意天气变化，喷洒药剂保护。防治马铃薯晚疫病的药剂很多，但也很快产生抗药性，要轮流使用。任选药剂为53%金磊度米尔水分散粒剂600-700倍；82.6%铜主1000倍溶液；64%抗病毒明矾M8可湿性粉剂500-600倍；58%瑞香锰锌可湿性粉剂600-800倍；25%毒霉可湿性粉剂800倍液；90%可湿性粉剂的500倍溶液(40%可湿性粉剂的250-300倍溶液)。在清园后或果实发育期间，将石灰和草木灰按1: 1的比例混合后施于树盘的土壤表面，有很好的预防效果。为防止贮运过程中腐烂，果实采摘后可立即用50 g/ml的64%抗病毒明矾浸泡10分钟，晾干后再贮运或冷藏。