水稻细菌性基腐病的病原是属于真细菌属的细菌，主要通过水稻根部和茎基部的伤口侵入。该病主要危害水稻的根节和茎基部，使其呈褐色，逐渐变黑腐烂，病株易被拔起，有臭味。一般发生在水稻分蘖期。病株在茎基部叶鞘上产生渍水病斑，逐渐向上扩展，形成不规则病斑，边缘黑褐色，中间白色。茎基部变成灰黑色，节间处有时出现深褐色纵斑，心朱莉娅枯萎卷曲，最后变黄，像蛀干害虫引起的枯苗。后期，病株茎基部和根部变黑并逐渐腐烂，地上部分逐渐死亡。有时倒根生长在患病植物底部的茎节上。该病的独特症状是病株的根节变成褐色或暗褐色腐烂，不同于细菌性褐条心腐病型、急性白叶枯病型和虫蛀死心苗。该病常与核盘微球菌病、恶苗病、还原性物质中毒等同时发生。或者在病株死亡后，恶苗病菌、核盘微球菌菌等在其上腐烂。

水稻细菌性基腐病一般有三个高峰，第一个高峰出现在分蘖期，以枯心病植株为主；第二个发病高峰出现在孕穗期，病株以剥叶为主。第三次高峰出现在抽穗灌浆期，以青枯病为主，之后出现死孕穗、白穗等症状。部分或迟施氮肥会使水稻植株变嫩并严重患病。分蘖末期不脱水，不烤太多，容易生病。地势低洼，土质粘稠，通风不良，病害严重。移栽稻由于植株伤害严重，伤口多，一般比直播稻病情重。

四氟醚唑主要用于防治植物细菌性病害，内吸性强，防治效果好，持效期长，药效稳定，对作物无药害。防治水稻细菌性基腐病，在发病初期，可采用一些药剂如双枯隆、农用硫酸链霉素、碱式硫酸铜、氢氧化铜、噻松铜、噻虫胺铜、琥珀酸铜、络合胺铜、噻唑锌、醋酸辛胺、中生霉素等进行灌根或喷施，有一定的防治效果。注意铜的制备要避开高温期。水稻细菌性基腐病发病后用药物防治效果差。上述药物均在发病前选用，分别在水稻移栽前、分蘖期、抽穗前期防治一次，防病效果较好。此外，应采取农业措施预防水稻细菌性基腐病，选择病情较轻的品种；培育壮苗，减少移栽时的伤害；合理施肥，增施钾肥；避免过度烘烤和长时间深水灌溉。