柠檬果实贮藏期间的真菌性病害主要有黑腐病、酸腐病、茎腐病、蓝绿霉病和炭疽病。上述疾病的防治方法：除采后处理外，可采用药物进行防治。

(1)噻菌灵(泰克，TBZ)和苯菌灵(苯菌灵):是最有效的采后杀菌剂，可有效防治茎腐病和青霉菌、绿霉菌，对炭疽病有一定作用，但对酸腐病和黑腐病作用不明显。这两种杀菌剂微溶于水，常用作蜡水混合溶液或水悬液。处理时，必须不断摇动悬浮液，以确保药液的均匀性。噻菌灵的浓度为1？000mg/L、600mg/L，果实采收后浸泡3-5分钟。

(2)邻苯基苯酚钠(SOPP):可防治茎腐病、青霉病、绿霉病，对酸腐病也有一定作用，尤其对橙子效果更好。pH值为11.5-12.0的2%邻苯酚钠溶液药效最高，所以常用的配方是：2%邻苯酚钠0.2%NaOH 1%%六胺，或1%邻苯酚钠蜡溶液均可。

(3)仲丁胺：可防治青霉病和绿霉病，对茎腐病作用低，对酸腐病和炭疽病无效。仲丁胺是一种沸点为63的液体，可作为仓库的熏蒸剂(25-200mg/L，v/v，42h)，也可配成1%-2%的水溶液浸泡水果。

(4)联苯：可防治茎腐病、青霉病、绿霉病，但对酸腐病无效。它是一种蒸汽杀菌剂。常用的方法是：将渗透性包装纸按照2.35 g: 1张(27.9cm43.2cm)的比例浸渍联苯，制成联苯包装纸。也可将联苯溶解在石蜡油(或矿物油)中制成联苯和石蜡的混合溶液，涂在纸上制成联苯垫片。

在我国，目前生产中常用的防腐剂有托布津(1000-2000mg/L/L)、多菌灵(800-1000 mg/L)、抑霉唑(500mg/L)、碳酸氢钠(2%)等。