柠檬果实贮藏期间的真菌性病害主要有黑腐病、酸腐病、茎腐病、蓝绿霉病和炭疽病。

蒂腐病：可分为褐蒂腐病和黑蒂腐病，症状相似，但褐蒂腐病与健康组织无明显界限，后期有发酵气味。黑蒂腐斑与健康组织界限明显，后期有臭味。病原体从花梗侵入果实组织。刚开始病变是水涝，后来病变继续扩大，逐渐变成褐色或黑色。腐烂通过果实中心的速度比沿着果皮的速度快。在多雨潮湿的产区或年份尤为严重。

黑腐病：初期症状是果实的花梗变黑，病菌沿果实中柱向下发展。菌丝所到之处，变黑腐烂。在果实生长发育过程中，黑腐病菌大多存在于果实的花梗中，直到花梗组织被破坏后才能侵入柠檬组织内部。任何削弱果实的条件，如不适宜的环境、晚收或长期储存，都会增加果实对黑腐病的敏感性。

青霉菌：指青霉菌和青霉菌引起的两种贮藏性疾病。发病过程和症状相似。初期，果皮表面变软，出现水渍状斑点。随着病斑的扩大，白色菌丝生长，迅速变成蓝色或绿色的霉菌层。从发病到整个果实腐烂只需要1-2周。病原体通过接触或气流传播。从伤口和裂缝侵入，所以最根本的预防措施是减少机械损伤。在世界上所有商业化的柑橘产区，蓝霉病和绿霉病是最常见的采后腐烂原因。

酸腐病：初期症状为微凸涝渍浅黄色至黄色斑点，细菌主要生长在果实内部。在后期，水果的所有内部组织都分解成酸水状的粘性物质。24-29时，从感染到全果腐烂只需5天，相邻的果实也会受到感染，病菌会从伤口侵入。

(5)炭疽病：发病始于蒂部，初期外部症状为灰色至褐色斑点，随后斑点迅速扩大，有时扩展至整个果实。在潮湿的条件下，表面出现粉红色的孢子，然后孢子群由褐色变为黑色，直到后期，细菌才侵入果肉深层。主要侵染橘子，柠檬果实偶有发生，在潮湿地区和年份严重。病原菌生长在果园的枯枝或弱枝上，并从那里向果实扩散，通过破损的果皮或枯果蒂进入果实。