受传统种植习惯的影响，许多菜农在育苗时仍采用分苗多次的方法，使辣椒根系受损严重，影响其正常生长。辣椒苗长到3片叶左右时，菜农第一次分苗。将分开的幼苗移植到苗床中。当辣椒苗长到6-8片叶时，移入营养钵中培养，进行第二次分苗。辣椒长到11片叶左右时，根系移动三次。

辣椒分苗的目的是使幼苗生长整齐，茎叶组织紧密，茎秆粗壮，抗逆性增强，增加生根，帮助缓苗。菜农采取的多次分苗的方法，犯了伤根的大忌，造成了各种问题。

首先，经过多次分苗，根重受损，根再生能力弱。辣椒本身根系不发达，再生能力弱，伤根后难以产生新根。但分苗势必造成伤根，多分苗势必造成严重伤根。一般辣椒的根系在植株长到7片叶左右就开始木栓化，再生能力降低。12片左右叶时，根栓化程度较高。而菜农选择6-8片叶分苗，11片叶种植，分苗后根系会很难恢复。

其次，导致花芽分化不良。辣椒的花芽分化通常从3-4片真叶期开始。在此期间，如果根系受损，必然影响水分、养分和内源激素的供应，所以花芽分化差或延迟，导致后期畸形果过多或前期产量低。

第三，营养供给不足。虽然多次分苗扩大了幼苗的营养面积和生长空间，改善了幼苗的光照条件，但根系损伤严重，生根慢不利于养分的供应，“叶靠根长”，所以叶小叶的辣椒茎杆细而黄。

另外，容易感染根部疾病。很多时候分苗，使得根系有很多伤口，容易被病菌感染，造成烂根死树。

因此，为避免严重伤根，影响花芽分化，最好在花芽分化前分苗，即辣椒苗达到3-4片真叶前分苗，再待苗长到7-8片真叶时播种为好。

辣椒种植其实更适合小苗种植的方法。种子可直接播种在穴盘或营养钵中，幼苗不需分株，待幼苗长到7-8片真叶时即可直接播种。这种育苗方式避免了移栽苗对根系的伤害，也便于种植前用药液处理根系，杀灭病菌，有利于后期培育壮苗高产。