藜蒿的主要病害有病毒病、白粉病、白绢病、菌核病和灰霉病等。藜蒿应避免长期连作，每三年更换一次，以防病虫害。秋冬覆盖后，要注意塑料大棚通风除湿，降低湿度，预防病害。

1.藜蒿白粉病

主要危害叶和茎，在叶片上产生红粉斑(分生孢子、分生孢子梗和菌丝体)，膨大后可达全叶。茎表面也产生白色粉状斑点。在晴雨、高温、露雾天气，以及植物生长密集的情况下，容易发病，而且严重。

【防治方法】病害发生初期，可选用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液、20%三唑酮乳油1500-2000倍液或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液进行防治，每10天1次，连续2-3次。

2.藜蒿菌核病

一般是从近地面的茎干开始，开始是褐色、渍水，然后迅速向上、向内扩展，进而引起软腐。潮湿时，患处表面生长白色棉絮状菌丝体和褐色鼠粪菌核，最终导致全株死亡。植物生长较弱或受低温影响。一般气温在20左右，空气相对湿度持续在90%以上，容易生病。

【防治方法】发病初期，可选择40%菌禾净可湿性粉剂1000倍液、50%异菌脲悬浮剂800-1000倍液或40%嘧霉胺悬浮剂800-1500倍液进行防治，每隔7-10天喷一次，共2-3次。

3.藜蒿病毒病

常见的有花叶坏死斑和大轮斑，引起全株发病，叶片黄绿色，形成斑驳的花叶或局部播散的紫褐色坏死斑，或由黄色斑点组成的轮斑。春季和秋季都有发生，尤其是秋季。一般情况下，天气干燥，蚜虫发生严重时，病毒病发生严重。

【防治方法】在防治蚜虫的同时，可喷洒1.5%治冰灵乳剂800倍液或20%盐酸吗啉胍铜可湿性粉剂300倍液。

4.藜蒿灰霉病

发病初期，每亩用2%腐霉利烟剂12片分散点燃，封闭棚子，熏蒸过夜。

5、藜蒿白绢病

藜蒿发病初期，在茎基部喷施15%三唑酮EC 1500倍液，每7-10天1次，连续2次。