根据作物的需要和土壤供肥情况，将不同化肥的农家肥按一定比例混合使用，是提高肥效的科学施肥方式。但是农家肥和化肥的种类很多，并不是所有的都可以混合使用。混施适合事半功倍，但混施会适得其反。

尿素与农家肥的混合施用。它们混合施用可以提高尿素的肥效。尿素一旦与土壤、农家肥等有机物接触，就会在土壤脲酶的作用下迅速产生生化反应，释放出氨。尿素的分解速度与土壤肥力、农家肥质量、空气温度和湿度有关。在冬季，在低肥力土壤中，肥料效应直到施用尿素后10天左右才显示出来；夏季，在高肥力土壤中只需3-5天就能显示出明显的肥效。如果在尿素中掺入少量饼肥或粪肥，氮素转化的峰值会大大提前。如果将尿素与优质农家肥混合使用，可以延长肥效时间，下一茬作物的产量可以和当前作物增产一样多。

磷肥和农家肥混合用于堆肥，以保持氮和促进磷。农家肥在分解过程中会产生大量二氧化碳和腐殖质，有助于溶解水不溶性磷肥，提高肥料质量。如果在每50公斤人粪中加入2.5公斤过磷酸钙，搅拌均匀，存放5-7天，人粪中的碳酸铵很容易挥发成性质稳定的磷酸铵，从而防止氮的挥发和流失，增加人粪中的磷。特别是难溶性磷肥，如磷矿粉，在施用前与优质农家肥混合堆肥。此外，农家肥堆沤时，含氮物质被氰化，往往导致翻堆时氮素挥发损失。如果加入过磷酸钙，可以获得以磷保氮的效果。

各种粪肥、堆肥、混有过磷酸钙的堆肥，可以减少过磷酸钙与土壤的接触面，防止磷酸根离子被土壤固定，提高磷的有效性。

与氯化铵堆肥混合。将农作物秸秆切成段，加入2%氯化铵和少量人畜粪便，用土覆盖。它被分解成生物钾肥。施用后，作物能长得更壮，抗倒伏，对外界因素的抵抗力更强。此外，在堆肥中加入碳酸氢铵，如将农作物秸秆、树叶切碎，加入0.5%-1%的碳酸氢铵和适量的人畜粪便，用泥封好，分解成含钾量高的复合肥。这种肥料养分齐全，能满足作物对各种养分的需求。