南京大学的前身是国立中央大学，是20世纪40年代亚洲最高学府。它的实力不仅超过了由清华大学、北京大学和南开大学组成的国立西南联合大学，而且在二战后也超过了东京大学(由于二战后日本战败，各方面的实力都有所下降)。1949年，国立中央大学更名为国立南京大学，1950年更名为南京大学。后来，它成为五所母校中第一个重组的。

1952年，原南京大学文理学院与当时南京另一所顶尖学府金陵大学文理学院合并，成立新的南京大学。原南京大学其他院系调整情况如下：

工程学院主体独立，成立南京工程学院，是四所工程学院中的第一所。现为东南大学(在第四轮学科评审中，建筑学、土木工程、交通工程、生物医学工程、艺术学5个一级学科被评为A+级，12个一级学科被评为A级，共有11个一级学科进入世界一流学科行列)。

无线电工程系迁至成都，参与组建成都电信大学(中国电子科技大学)。

航空系搬到了西安，形成了后来的西北工业大学

水利系参与组建华东水利学院(河海大学)

食品工程系迁至无锡，参与创办江南大学。

以上部门均为国内顶级部门。在第四轮学科评审中，电子科技大学电子科学与技术专业、西北工业大学航天科学与技术专业、河海大学水利工程专业、江南大学食品工程专业均获得A+。其中，江南大学的食品工程不仅是中国第一学科，也是世界第一学科。

部分农业机械专业迁至镇江，成立了后来的江苏大学。作为江苏省四所非高校之一，唯一获得A -的学科是农业工程，该学科起源于南京工程学院，原南京大学工学院。

部分化学工程系参与组建南京化学工程学院，即现在的南京工业大学。南京工业大学的化学工程与技术被评为A，这在排名前四的大学中是非常罕见的。

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农学院林学系与金陵大学林学系合并组建南京林业大学。今天，有两个一级学科获得了A+，超过了211甚至985的大多数。

师范大学的一部分(其余部分并入南京大学文学院)成立南京师范大学。目前，南京师范大学有6个一级学科被评为甲等学科，在师范院校中排名第四，仅次于北京师范大学、华东师范大学和东北师范大学。

医学院大部分迁往西安组建第五军医大学，即后来的第四军医大学(今空军军医大学)，口腔科在第四轮学科评估中获得A+的成绩。学校的一小部分前身为南京铁道医学院，2000年并入东南大学。

法学院被撤销，政法系迁至上海成立华东政法大学。

外语系的一部分搬到了上海，成为上海外国语大学，今天的上海外国语大学在外国语言和文学方面获得了A+的成绩

体育学部迁往上海，成为上海体育学院的主体。在第四轮学科评价中，体育获得A+

部分经济学系迁至上海，成为上海财经大学的一部分

东方语言文学系迁至北京，成立了北京大学东方学系

该系部分人员迁至北京，参与北京大学哲学系建设

心理学系迁至北京，成立了中国科学院心理研究所

气象系独立成立南京气象学院，即现在的南京信息工程大学。大气科学在亚洲排名第一，并在第四轮学科评估中获得A+

为支持兰州大学建设，部分物理系和地质系迁往兰州

《地理知识》杂志于1950年在原南京大学地理系教研团队的带领下在南京创刊，后迁至北京，现为《中国国家地理》。此外，南京大学部分院系也参与了零星调整。

调整后的新南京大学，综合实力依然是全国第一，其文科和理科两个学科长期占据着中国学科体系尤其是理科的巅峰。在国立东南大学时代，有“北大以文史哲而闻名，东大以理科而闻名”的说法，但东大的文史哲教授并不比北大少。

南京大学的物理、化学、天文、地质和生物是学界的巨人。他们长期占据着这些学科的顶峰。南京大学的中国科学院院士大多来自这些院系，孕育了许多硕士生和其他人才。涌现出朱光亚、任新民、黄伟禄、赵九章、钱骥、程开嘉等国家最高科学技术奖获得者，吴良镛、闵恩泽、刘东生、张存浩等人，为国家科学技术的发展做出了重要贡献。

中华人民共和国成立以来，南京大学校友先后有270余人当选为中国院士和中国院士，还有许多人从欧洲或美国当选为中国院士和中国院士。

在人文和社会科学方面，学校在哲学、汉语、外语和历史方面具有优势。培养了许多著名学者，长期位居全国第一。南京大学是一所充满人文关怀的高等学府，被誉为“中国最温和的大学”。