温室高密度集约化养殖模式已成为目前甲鱼养殖的主要模式之一。由于采取了人工控温、集中投饵等一系列人为干预措施，这种养殖模式大大缩短了甲鱼的养殖周期，节约了养殖成本。养殖生产的优势显而易见。但在这种特殊的养殖环境中，人为因素的干预，包括人工高温控制、高密度集约化放养量、相对固定的养殖水域空间、高营养均衡的人工全价配合饲料等。改变了甲鱼的自然生活习性，导致其抗病能力减弱，池塘水质污染。此外，管理人员的技术水平差异和日常管理措施的细化，会导致甲鱼生长速度与养殖过程中多种疾病的矛盾，尤其是养殖中后期(养殖时间在5个月以上)。

在实际养殖过程中，在养殖中后期，在同一个池水空间内，由于甲鱼个体较大，摄食量和排泄物增加，水体的负荷不断增加，甚至超过水体的实际负荷(污染物降解)能力。如果水体中的污染物(排泄物、丢失的饲料、残留的饵料等有机物)没有得到及时有效的完全降解(需要充足的溶解氧和充足的具有降解能力的微生物)，水质就会开始恶化：一方面，因素(氨氮、亚硝酸等。)等对水体中龟的身体健康不利的物质，削弱了龟的身体健康，同时，还会导致水体中出现大量致病病原体(如气单胞菌、爱德华氏菌、变形杆菌等)。当甲鱼的身体失去抵抗力或抵抗力降低以抵抗病原体的入侵时，甲鱼的疾病随即发生，直接影响甲鱼的生长速度和成活率。可以说，在养殖中后期，由于缺乏对养殖环境的维护或调控措施，导致甲鱼直接发病或某些致病病原体的繁殖，从而导致大部分疾病的发生。常见疾病主要有：龟红颈病、红地板病、白地板病、穿孔病、疖病、皮肤腐烂、生殖器脱落、烂颈烂爪等。

因此，在温室甲鱼养殖的中后期(5个月后)，调控好养殖环境的管理措施(包括：水质、底质、水温、室温、水体有益生物群的培养等。)都很突出。重点管理措施是：减少养殖水体的污染源(减少投饵方式缺陷造成的饵料浪费，严格按照甲鱼数量和重量控制日投饵率)，保证水体有足够的饵料。同时，龟的体质护理也不容忽视。可适当给甲鱼喂食一些清热解毒、保肝利胆的中药、免疫多糖、电解复合维生素等保健药物，增强其免疫能力。将疾病发生的几率降到最低。

此外，温室养殖模式下养殖周期不宜过长(建议控制在9个月以内)，对于达到一定规格的个体(尤其是台湾省龟)，饲料利用率会大大降低，导致饲料系数增加，养殖成本增加。因此，建议温室养殖的甲鱼，如果符合市场规格，应适时出售。