《牧童短笛》结构简单，是典型的三段式。

呈现部分：(1-24小节)，G调式，C宫制，4/4拍，包括6个乐句，每个乐句由4小节组成。句子间的音乐素材对比鲜明，主题具有浓郁的江南水乡风情。

整个演出节奏缓慢，旋律悠扬宁静。

它采用两段对比复调的写作方法。高声部与低声部呼唤一响应，一对一，一对二，一对四，上紧下松，上静下动，左右手在乐段与乐句之间相互补充，形成交替的回声，既密切相关又形成明显的对比。

中间部分(第25-52小节)为“并置”中间部分，采用了中国音乐中的“旋宫”手法。主音为g型调式，2/4拍。

复调音乐改为主调音乐，增加音高面积，加快速度，采用民间舞蹈的节奏。旋律欢快有趣，描绘了天真的牧童嬉戏玩耍的场景。

在主题材料、节奏、速度、和声、音乐织体、情绪等方面都与呈示形成鲜明对比。

中间部分分为3个乐段，每个乐段有4个小节。它是同一主题材料在不同音高上的转换和重复。采用动态模型开发的方法，与前文形成强烈对比。

第一句是D符号模式，第二句是严格模仿第一句的上五分之一主导方向，A符号模式。

第三句是方向变化模仿第二句的上五分之一，A宫调，但只有两小节，因为段落的重复，所以在最后两小节回到了第一句的G宫调。

为了与前后对位风格相统一，中间部分采用平行三度降低音和连续低音，弱化了功能，为从速度、强度、和声调性上的回归做准备。

再现部分(第52-76小节)是呈示部分的变体。在保持展区骨架的基础上，增加了一些装饰性的注释。多是在两个八分音符的节奏中加入两个音符，成为十六分音符，使主旋律显得更加流畅、紧凑、欢快。

再现部分的音调首先在G调上，然后在D商调上，最后在音量上减弱并在主G调上结束。

“花变奏曲”的运用达到了“变化表现”的目的，使音乐更加优美动人，更加深沉有活力。