1.发酵

虽然发酵控制非常有益，但另一方面，如果发酵不可控，就会对动物健康产生负面影响。这是关于供液系统最大的疑问。不加控制的发酵往往会导致大肠杆菌、沙门氏菌、酵母菌等多种可能的致病菌的增加。因此，工业上通常建议用乳酸(或其它酸化剂)酸化至pH4，并用300ppm二氧化氯处理。这里应该注意的是，每个混合和输送系统都有特定的清洁和消毒程序，必须严格遵守这些清洁和消毒标准，以确保系统所需的适当卫生。

2.干物质

液体进料的另一个关键问题是湿物料中干物质的浓度。根据经验，每份干饲料应加入3份水，或干物质浓度为25%。很多老式的输送系统不能输送密度较大的混合物料，密度较小的湿物料由于废水太多也不可取。研究表明，强烈建议断奶后第一周的仔猪使用干物质浓度为25%的湿饲料，以保证充足的营养吸收。然而，即使干物质浓度为15%，猪也可以有效地利用湿饲料，而没有任何性能损失。

3、产生更多的废水

经验表明，用液体饲料喂养的猪会产生更多的污水——，尤其是用富含蛋白质和/或盐的液体副产品喂养时。产生的废水可以说是有利有弊。好处是废水多使得粪浆浓度更低，更容易被处理，坏处是需要花费更多的处理成本。

4.水量分配

即使液体饲料不含液体副产品和正常钠含量，政府主管部门也建议给猪提供免费的新鲜无盐水。猪的需水量因猪个体的体重、生长速度、室内温度和健康状况而异。虽然说每个猪圈至少配有两个饮水机，但是可以有效防止饮水机堵塞。但是在液体饲养系统中，每10-20头猪配备一个独立的饮水机就足够了。

5.拒绝进食

很少有报道说，在使用这种饲养系统的最初几天，即使饲料没有问题，之前不熟悉液体饲料的猪(尤其是断奶仔猪)仍然可能拒绝进食。一旦出现拒食现象，通常可以在食槽附近的饲喂器末端添加一些干饲料，持续几天，直到猪开始愿意吃液体饲料。对于年龄较大的猪，可以在槽中加入少量的干饲料，这样往往可以让猪知道饲料的出口。如果猪还是不肯吃，问题可能出在饲料本身和饲养体系上。