首先要对牛棚和环境进行彻底的清扫和清理，清除被水淹的牛棚和牛舍内的泥土、沙子、粪便、垃圾和各种污物。按照由远及近、自上而下、由内而外的顺序，逐一清理干净，各个方向不留死角。经过仔细彻底的清洗和清洁，不仅可以去除大部分病原体，还可以大大减少粪便、垃圾等有机物的量，有利于化学消毒剂的作用。彻底清洗后可以进行化学消毒。一般要求使用2 ~ 3种不同功能的消毒剂进行2 ~ 3次消毒。

第一次消毒，可使用碱性消毒剂，如2% ~ 3%的火碱或10% ~ 20%的石灰乳，对地板、天花板、墙壁等进行油漆。和2%苛性钠水溶液也可用于喷雾消毒。

第二次消毒可以通过喷洒苯酚(霉菌毒素)或氧化剂(过氧乙酸)来进行。第三次甲醛熏蒸。消毒棚的容积要事先计算好，每立方米甲醛42毫升，高锰酸钾21克。关闭谷仓的门窗和通风孔。棚内温度应在20左右，相对湿度应在70%以上。一般要24小时消毒，然后打开门窗通风。

道路、运动场消毒可用10% ~ 20%漂白粉悬液或干粉涂抹，或喷1: 200倍复合酚。生石灰可以撒在潮湿的地面、化粪池、粪堆、污水沟上，在干燥的地方撒生灰没有消毒作用。因为生石灰遇水生成氢氧化钙，也就是熟石灰，离解出氢氧根离子产生消毒作用。石灰乳要现配，配好后当天用完。

水源和饮用水的消毒几乎所有的养牛场都使用井水。水井被淹后，首先要清理水井，清除淤泥。根据体积，每立方米水中要加入6 ~ 10克漂白粉，使用前要封井6小时。饮用水消毒应选择有效、安全、无毒、无副作用和无残留的产品。消毒剂可提前在另一个容器中配成稀释液，然后放入饮水机或饮水罐中，供畜禽饮用。

常用的消毒剂有：漂白粉，每升水0.3 ~ 1.5克；20%过氧乙酸，每升水1毫升；50%百度，每升水加1 ~ 2 ml。提示对牛进行喷雾消毒，不仅能直接杀灭隐藏在牛舍环境(包括空气)中的病原微生物，还能直接杀灭滞留在牛体表和呼吸道的病原体，预防牛传染性鼻气管炎、哮喘等呼吸道疾病。

此外，喷雾消毒还可以降尘、防暑降温、提供湿度、净化空气、改善牛舍环境。操作时让喷雾器喷嘴向上喷，让雾滴落下来，雾滴要小。常用消毒剂的浓度为0.015%；0.2% ~ 0.3%的过氧乙酸；0.2% ~ 0.3%的次氯酸钠；杀真菌素(复合酚)1: 250 ~ 300。

设备和用具消毒养牛场的设备和用具种类繁多，材质和用途不同，消毒方法也不一致。工具可以用高锰酸钾熏蒸，水桶、喂食槽、水槽、水桶、挤奶机等。应先用2%的苛性钠擦洗，然后用清水冲洗。车辆(包括汽车、货车、手推车等。)应喷涂，工作服应清洗消毒或用紫外线照射。王志勇