消毒的目的是杀死病原体。对病猪的分泌物、排泄物，以及被猪粪、尿液、血液及其分泌物污染的饲养人员的土壤、场地、圈舍、用具、衣物、鞋子等进行彻底消毒。消毒时，应根据病原体的弱点，采用不同的消毒药物和方法。平时要建立定期消毒制度，每年春秋两季对猪舍和用具进行一次清洗消毒。以后一个月消毒一次。母猪产房在分娩前要彻底消毒。“全进全出”猪圈，每批猪老了以后都要彻底消毒，空圈一周后才能进猪。当传染病发生时。猪舍和用具应每周消毒一次。传染病扑灭时和疫区(点)封锁解除前，必须进行终末消毒。消毒时，应先将圈舍内的粪便清理干净，铲去表层土壤，再用消毒液消毒。通过振动地面和墙壁的结构，可以适当增加或减少每平方米消毒液的用量。消毒剂有很多种。目前市场上消毒剂的商品名比较复杂。有些消毒剂的有效成分基本相同，但有几个商品名。因此，在选购消毒剂时，应了解其有效成分，然后根据使用日期和对象选择所需药物。一般应选择广谱、高效、低毒、价廉、作用迅速、性质稳定、易溶于水、使用方便的消毒剂。常用的消毒剂中，来苏、克林、菌都迪、农夫、米文灵都是酚类。这些药物对细菌有很强的杀灭作用。福尔马林和多聚甲醛都是醛类，多用于猪舍熏蒸消毒。碱包括烧碱和生石灰，多用于猪舍和食槽的消毒，过氧乙酸属于氧化剂。它具有高效、速效、杀菌潜力广的特点，可用于猪舍、饲料槽、交通工具的消毒。卤素有漂白粉、氯胺(氯胺)、优氯净、次氯酸钠、抗毒、威岛牌消毒剂、百都莎、爱迪沃等。对细菌、芽、病毒有很强的杀灭作用，应用广泛。表面活性剂有新洁尔灭、洗必泰、消毒网、消毒宁等。这些药物对细菌有很强的杀菌作用，无刺激性。它们通常用于消毒器械、皮肤和粘膜。各种消毒剂的浓度因消毒对象、目的、使用方法、环境温度而异，可按药品说明书配制。