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siRNA是一种单链RNA干扰物，通过与mRNA结合阻止蛋白质表达；shRNA是一类整合到基因组中进行遗传干扰的病毒。siRNA和shRNA之间最大的区别在于它们是否被整合到基因组中以及它们在转染时的有效性。两者的转染效率无明显差异。
途径阻滞剂和siRNA的区别。一些研究使用通路阻断剂，如akt通路阻断剂LY294002，另一些研究使用siRNA阻断akt的激活。两者之间最大的区别是阻滞剂影响蛋白质活性；另一方面，siRNA直接降低蛋白质的表达。因此，当细胞需要某些蛋白质时，最好使用阻滞剂而不是siRNA，因为减少蛋白质表达可能会导致额外的阳性结果。
siRNA和非编码RNA。siRNA不是一种非编码RNA，而是与mRNA互补的单链RNA。非编码RNA是细胞中不具有基因编辑功能的RNA的总称。
siRNA可能影响非编码rna的稳定性，而非编码rna不能被siRNA抑制或下调。
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