在本署管辖的水域，录得海洋生物共有20,278种。这些海洋生物属于5个生物王国和44门。动物界的物种最多(12,794)，原核生物最少(229)。中国的海洋物种约占世界总数的10%。1. 海洋哺乳动物，我国有39种海洋哺乳动物。如：各种鲸鱼、海豚、海豹、海狮、儒艮等。2. 海洋爬行动物。爬行动物是变温动物，在陆地上繁殖，有角化的鳞片。3.海洋鸟类。海鸟的种类并不多。在中国海域有记录的海鸟共有183种。如红喉潜鸟、黑脚信天翁、海燕、小军舰鸟、海雀、白鹭、海鸥等。4. 海洋鱼类。鱼是脊椎动物中最低等的一类。我国海域已记录到海洋鱼类3023种，其中软骨鱼类237种，硬骨鱼类2786种，约占我国海洋生物种类总数的1/7。5. 海洋节肢动物。目前，中国海域已记录的节肢动物共有4362种，约占中国海域全部海洋物种的1/5。如鲎、虾、蟹等。海洋软体动物：中国海域已记录的软体动物共有2557种，约占中国海域所有海洋物种的1/8。如石鳖、贻贝、珍珠贝、扇贝、牡蛎、蛤蜊、鱿鱼、章鱼等。7. 海洋腔肠动物，腔肠动物也被称为刺胞动物，因为它们有独特的刺细胞。目前，中国海域共记录到海洋腔肠动物1010种，分属腔肠动物门3纲。8. 海洋植物可以简单地分为两类：低等藻类植物和高等种子植物。我国海域的生物物种具有明显的中国海域特征，体现在不仅有世界上众多的海洋物种，而且有许多北半球其他海域早已灭绝的古代遗存物种，以及一些进化上原始而孤立的类群。其中，原始物种包括鹦鹉螺、中国鳖、stylocephalus、文文鱼和其他孤立的类群，如豆芽和贝类。光鱼类就有80种。