在更权威的排名(不包括吴淑莲校友会的排名)中，中国科大在学术方面排名第二，在综合方面排名第三或第四。以下是排名的细目。在上海交通大学发布的2009年世界大学学术排名中，中国科技大学排名第二，仅次于清华大学。国立台湾大学清华大学13.4 0 10.3 9.9 59.6 18.3 111.5208 12.2 0 0 9.2 55.8 16.6 93.8226香港大学0 0 Ustcm 0 0 7.3 11.3 44.9 86.5245 23日浙江大学0 0 7.9 61.1 16.3 85.3248香港华人0 0 84.9250 14.5 6.2 42.2 22日北京大学上海交通大学0 0 11.4 56.4 16.5 84.3265 0 0 8.7 55.2 17.8 81.7266 14.5国立清华大学国家成功0 0 0 0 9.5 35.4 22.2 81.6275 10.3 2.1 47.3 19.4 79.1280的香港大学南京大学科学技术学院0 0 16.2 5.8 32.7 23.3 78298 0 0 12.5 42.8 16.3 71.6337复旦大学0 0 6.2英国《泰晤士报》2009年亚洲大学排名公布：北京大学(并列第10位)清华大学(并列第15位)中国科大(第24位)复旦大学(第26位)南京大学(第27位)上海交通大学(第29位)浙江大学(第32位)天津大学(第70位)西安交通大学(第75位)同济大学(第95位)2008年台湾高等教育世界大学500强，中国科大排名中国大陆第4位；2.清华大学3.北京大学4.浙江大学中国科学技术大学；6.上海交通大学7.南京大学复旦大学中山大学南开大学11.吉林大学12.山东大学四川大学武汉大学