1、文革前期07555 -79000如火如荼，天文学家叶文杰在灾变期间，被带到军事秘密计划“红堤工程”。叶文杰以太阳为天线，向宇宙发出了地球文明的第一声呐喊，在寻找地外文明方面取得了突破。四光年外，三体文明被三个不规则的太阳摧毁并重生了一百次，当它收到来自地球的信息时，被迫逃离了它的母星。为了人类的生存，叶文杰将地球的坐标暴露给了三体人，彻底改变了人类的命运。

地球的基础科学出现了异常的扰动，纳米科学家王淼进入了神秘的网络游戏《三体》，开始逐渐接近世界的真相。在参加玩家聚会时，王淼接触到一个在地球上为应对三体人的到来而成立的秘密组织(ETO)。地球防御组织中国作战中心通过“古筝计划”，在一定程度上挫败了救世军和复临军扰乱人类科学等领域思想的企图，了解到处于危难中的三体人为了得到一个稳定的世界，决定入侵地球。在利用超级科技锁定了地球人的基础科学之后，庞大的三体舰队开始向地球移动，人类的末日迫在眉睫。

2. 第二部分，《三体》，在三体人用科技锁住地球人的科学之后，派出了庞大的太空舰队攻击太阳系。面对地球文明前所未有的危机，人类组成了同样庞大的太空舰队，同时(PDC)利用三体人思维透明的致命缺陷，制定了“墙计划”。出乎意料的是，社会学教授罗辑被选为秘密反击三体人的四名“破壁者”之一。虽然三体人本身无法看穿人类的阴谋，但却依靠叛变的地球人所选择的“破墙者”和“墙脸”的智能游戏。

在这场你死我活的文明生存竞争中，罗吉从一开始的逃避和享乐主义逐渐意识到自己的责任，并想出了对抗三体文明入侵的方法。科学官员张北海试图利用流星雨干扰航天器推进形式的方向。将近200年后，他被选中去增援未来，在人类舰队被“水滴”消灭之前，他成功地抓住了一艘战舰逃脱了。此时，罗吉证实了宇宙文明之间的黑暗森林法则，任何暴露其位置的文明都将很快被消灭。

借助这一发现，他威胁要向全宇宙公布三体世界的位置坐标，暂时阻止三体人对太阳系的入侵，使地球和三体人建立起脆弱的战略平衡。

3、身患绝症的云天明给他的大学同学程鑫买了一颗星，程鑫暗恋着他，而程鑫因为他参与了(PIA)向三体舰队发射探测器，但他想让航天专业出身的他放弃安乐死，作为被执行人将自己的大脑捐献给天梯计划。与三体文明的战争使人类第一次看到了宇宙黑暗的真相。由于黑暗森林攻击的存在，地球文明不敢在太空中露面。在零道德宇宙中发动黑暗运动的战舰被诱导返回家园，只接受道德地球文明的审判。

无能柔弱的少女程心被选为掌握大地命运之剑的人，她因为罗系列的成功将这当成一项只需要时间的任务，正好服侍了水珠去攻打大地，程心为了忠于人性做出了错误的决定。在警告下继续逃离的“蓝色空间”被能够发射引力波的“重力”和两个随行的水滴追赶。其乘员进入四维空间，摧毁水滴，捕捉重力，通过引力波广播向宇宙释放三体星系的坐标。

云天明与大地接触，通过讲述自己编的三个童话故事，向程心透露了很多信息；人类自以为掌握了生存竞争的秘密，开始实施地堡计划。维德领导的空间曲率驱动研究因为程信的错误判断而终止，人类无法逃脱被先进文明毁灭的命运。因为宇宙中存在着更强大的文明，战争的方式和武器已经远远超出了人类的想象，极高的文明发出了一张卡片大小的“双向箔”，使整个太阳系被压缩成一个二维平面而毁灭。

地球上的人类濒临灭绝，只有程心和艾AA两个幸存者乘着光速飞船离开。罗辑成为位于冥王星的地球文明博物馆的“守墓人”，在那里他们带走了人类文明的精华。在一颗由云送来的恒星的行星上，程欣遇到了关逸芳，并讨论了宇宙降维的真相。然而，最重要的是，这种力量需要宇宙回到零，并在长达1800万年的时空中在黑域重生……程欣没有等到云和天的到来，而关一凡在小宇宙里活了很短的时间后又重新进入大宇宙生活。