1909年，他利用美国归还庚子赔款的机会，选派学生赴美留学，并成立“旅游美学系”。两年多来，在校址上，成立了一所学校，称为清华学堂。

1911年3月，学校开学，辛亥革命宣告中止。

一年春天复课，“清华学堂”更名为“清华学堂”，仍是一所赴美留学预科学校。

14年，中国问题研究所成立。这所大学有三个学院，即文学院、理学院和法学院。

17年后更名为国立清华大学。

人18年正式成立研究所，身无分文，理论、法律三种；那一年，第一批大学生毕业了。21年增加工程学院。

26年抗日战争爆发后，他南迁长沙，与北京大学、南开大学共同创办了国立长沙临时大学。

27年后，长沙迁至昆明，更名为国立西南联合大学。

34年抗战胜利后，西南联大继续学习，三所高校分别开始筹划复员工作。

1935年秋，学校复员北平，增设农学院。

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1月45日，筹备处在台北成立，聘请陈克忠为主任。7月，原子科学研究所成立，招收第一批研究生。

1000功率50年的池式核反应堆(原子炉)已完成初步临界运行，开始运行。根据教学、科研和国家政策的需要，推进和平利用原子能事业，是中国进入原子能时代的里程碑。

1951年5月19日，梅校长病逝，陈克忠院长受命代校(“民54年”)。在夏季，鉴于数学的重要性日益增加，国内高校的数学教师是稀缺的。为了培养数学研究型人才，丰富高校数学教师队伍，加强原子科学研究的数学课程，我们设立了数学研究所。

人们在52年春天，数学研究所招收了第一批研究生。

为了培养科学人才，适应国家发展科学教育的需要，1953年中华人民共和国“政府”指示学校恢复学院分院制，设立核工程和数学系两个系，参与联合招生。

1954年增设了物理系。

物理研究所博士班成立于1956年。

1957年，原子科学研究所化学研究室在物理研究所的基础上成立。

58年7月，陈克忠先生退休，阎振兴先生接任。

1959年6月，严校长调任台湾大学，由许贤秀教授接任校长。原子科学研究所核工程科改组为核工程研究所。

1961年，它增加了应用化学研究所、应用物理研究所、应用数学研究所、材料科学工程系、工业化学研究所、工业化学系和动力与机械工程系。

1963年，分子生物学研究所、工业工程系和化学研究所加入博士课程，开始招收学生。原系分为三个学院，即理学院、工程学院和原子科学学院。

64年9月，徐校长被任命为国家科学委员会主席，张明哲先生接替他担任我校校长。

65年增设电气与动力工程系，并成立电子计算机中心。

1966年，学校增设了电气与动力工程研究所(自第68学年起更名为电气工程研究所)、计算机管理与决策研究所和辐射生物学研究所。

1967年，高分子研究所成立。

1968年，工业化学研究所设立博士课程，并于当年招收学生。

1969年，学院成立工业工程学院，并设立中国语言文学系。工业化学研究所和工业化学系更名为化学工程研究所和化学工程系。

1970年，动力机械工程、材料科学工程和核工程研究所将扩大，提供博士学位。核工程系于1970年开始招收学生。10月，成立了一个研究与发展委员会。

1971年，学院开设数学研究所博士点，并设立外国语言文学系。今年4月，学校成立了一个长期发展委员会，制定五年发展计划。

1972年3月，它开始计划一个用于行政服务的计算机化操作系统。8月，物理研究所与应用物理研究所合并为物理研究所；化学研究所和应用化学研究所合并为化学研究所；计算机管理与决策研究所、电气工程研究所增设博士培养名额；为适应推进国防科技发展的基本需要，与中山科学院合作成立了自强科学研究中心；9月，辅助系统建立。年底，为促进校际教学和科研，学校成立了各种研究中心，第二年又成立了原子科学与技术发展中心和科学技术中心。

1973年，人文社会科学学院、经济系和分子生物学研究所加入博士项目。化学工程研究所和高分子研究所合并为化学工程研究所；材料科学中心与工业技术研究所合作成立。

74年5月，视听中心成立；8月，增设历史研究所硕士点和工业工程研究所博士点。分子生物学研究所更名为生命科学研究所，核工程研究所更名为核工程研究所。

1975年8月，应用数学研究所增设博士学科点，原子科学研究所撤销卫生物理与放射化学组，增设语言学研究所硕士学科点，动力与电工学两个系建立双班制。9月，双学位制度开始实施。李元哲被授予诺贝尔化学奖。

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1977年8月，成立统计研究所和经济研究所，计算机管理与决策研究所更名为信息科学研究所。

1978年8月增设文学研究所硕士点、统计研究所博士点和辐射生物学研究所博士点。

1979年8月，学校增设信息工程系和语言研究所。

1980年8月，生物医学研究所设立了硕士点和生命科学系。

1981年5月，普通学科改为通识教育中心。7月，生命科学学院成立，生命科学系、生命科学研究所、生物医学研究所并入生命科学学院。8月，又增设了原子科学系。

1982年2月，阿古诺反应堆退役项目开始，耗时约两个月。2月27日，刘兆轩先生被任命为交通运输部部长，学校教务长李家通先生为临时代表。12月，新化工大厅竣工。

1983年1月28日，新任校长沈俊山先生就任，成为首任民选校长。8月新增工程管理研究所硕士点、哲学研究所硕士点、文学研究所博士点。

1984年8月，设立教育专业，根据新《大学法》调整院系结构，并合并为同类院系。

1985年，电子工程研究所设立硕士点、博士点、历史学研究所博士点、社会人类学研究所群博士点。

1986年8月，生物技术研究所成立(硕士点)。

1987年2月，新任校长刘炯朗上任。同时成立了电气信息学院，设有信息工程系、电气工程系和电子工程系。辐射生物学研究所并入生命科学系，社会人类学研究所分为社会研究所硕士点、人类学研究所硕士点和博士点。工业工程系更名为工业工程与工程管理系。

1988年8月，通信工程学院设立硕士和博士学位授权点。

1989年8月成立科技管理学院，下设科技管理研究所、科技法学研究所、数量金融系。

1990年8月，天文研究所硕士点和信息系统与应用研究所硕士点成立。

1991年2月，新校长许燮生就职。8月，成立微机电系统工程研究所硕士点、博士学位点、台湾文学研究所硕士点、人文社会科学学士学位点。生命科学学院调整为生命科学系、分子与细胞生物学研究所、分子医学研究所、生物信息学与结构生物学研究所和生物技术研究所的硕士点和博士点。

1992年，设立“返票奖学金”。8月，信息工程系增设第三个本科班，物理系增设光电物理组，光电工程研究所增设硕士班、博士班和工业工程与工程管理硕士班。

1993年1月，与新竹县政府签订协议，共同推动第二校区的建立。8月，成立经济系博士生班和社会研究所博士生班。

1994年获教育部“迈向顶尖大学计划”前两年每年补助新台币10亿元。2月，电气信息学院工业研发硕士集成电路设计班成立。8月，宜兰园区筹备处成立；信息系统与应用研究所博士学位点、科技管理研究所博士学位点、工学院工业研究与开发硕士光电技术专修班；经济学系由人文社会科学学院改为科学与管理学院。

1995年2月，新校长陈文存就任。6月，材料科学中心和纳米微系统中心合并为纳米微与材料科学技术中心。校董会批准了“全国清华大学教师学术优秀奖办法”和“全国清华大学讲学和特聘教授设置办法”。8月，原子科学系更名为生物医学工程与环境科学系，设立台学教师在职硕士学位专业、理学院学士学位专业、科学与管理学院学士学位专业。修改组织程序，将秘书处办公室改组为秘书处，下设总务组、程序规章组、公共事务组、国际事务中心和校友服务中心。10月，第一次校务发展谘询委员会会议举行。

1996年1月，对“迈向一流大学”项目进行了第一次实地评估。3月，校务中长期发展工作会议召开。7月，第二次校务发展谘询委员会会议召开。8月，MEMS系统工程研究所更名为纳米工程与微系统研究所，并成立核工程与科学研究所、国际专业管理硕士点、工程研究所和人文社会科学研究所。定量金融与金融系增设硕士学位授权点，科技管理学院增设硕士学位授权点。11月，“迈向世界一流大学”项目第二次实地评估活动举行。

1997年2月，获教育部“迈向一流大学计划”资助，首三年每年资助新台币12亿元。