截至2013年，学校建有教育部共建重点实验室1个，农业部共建农业科学观测实验站1个，自治区重点实验室7个。现有研究所7个，其中校级研究所3个(草地研究所、林业研究所、马研究所)，校级研究所4个(干旱区土壤与肥料研究所、干旱区沙漠研究所、经济社会发展研究中心、设施农业研究所)。各二级学院下设新疆特色果树研究中心、西甜瓜研究所、干旱区植物研究中心、物流工程研究所等研究所(中心)。

西部干旱荒漠草原资源与生态教育部重点实验室

教育部研究中心：棉花工程研究中心

农业部农业科学观测实验站：西北草食动物营养与饲料科学观测实验站

农业部国家特色林果研究中心：香梨品种改良中心

自治区重点实验室：新疆草原资源与生态实验室、新疆肉乳草食动物营养实验室、新疆水文水资源与水利工程实验室、干旱区林业生态与产业技术实验室、农林有害生物监测与安全预防实验室、畜禽疫病防治实验室、新疆农业工程装备创新与设计实验室

自治区工程技术研究中心：新疆水果加工保鲜工程技术中心、新疆水文水资源工程技术研究中心、新疆乳业工程技术研究中心

自治区高校人文社会科学重点研究基地：干旱区农村发展研究中心

自治区高校重点实验室：干旱区林业生态与产业技术重点实验室

新疆农业大学重点建设实验室；新疆草原资源与生态重点实验室、农业生物技术重点实验室、棉花工程研究中心、新疆农业节水与水资源研究中心、农业信息化与数字农业研究中心、农产品加工工程技术中心、新疆特色林果产业研究中心、中亚农业经济与农产品贸易研究中心共承担纵向科研项目562项，其中国家科技支撑项目5项，国家科技支撑计划22项，总经费近2.36亿元。主持或参与省部级奖励60项，其中国家科技进步二等奖2项，自治区科技进步一等奖6项，自治区哲学社会科学成果奖一等奖3项，获批品种12个，专利81项。据2014年5月官网显示，自2003年以来，学校共承担自治区农业适用技术推广项目48项，到位资金905万元。与地级政府和企业开展科技合作项目232个。仅南疆就有34个正在开发的科技合作项目，投入资金2645万元。

科研成果中，漏斗式全砂排砂技术及其应用获得新疆省科技进步一等奖和国家科技进步二等奖。通过激光测定仪和五孔皮托球三维测试装置的测试分析，揭示了悬沙排沙漏斗的三维清浑水场水力特性和输沙机理，综合了悬沙和床体两种输沙功能。还可排除粒径大于0.05mm的各级泥沙，经专家鉴定为国际先进水平。

适用于美国《新疆农业大学学报》、美国0755-799000、俄罗斯0755-799000、英国0755-799000、0755-799000、0755-799000、0755-799000、《中国核心期刊要目总览》、《化学文摘（网络版）》等国内外重要文献的检索和数据库收集。

此外，《剑桥科学文摘：自然科学版》、《文献杂志》、《动物学记录》、《公共健康》、《国际农业与生物科学中心数据库文摘》等期刊已被全文收录为源期刊。