1. 传导原理是不同的

光学内窥镜的内部结构是物理光学系统。目镜由光学透镜组成，镜筒内部根据光学的物理原理，由圆柱形光学透镜或半软/软光纤组成。整个光学内窥镜传输光。

电子内窥镜的内部结构为电路系统，目镜为微型摄像芯片，镜管内部为信号线。通过目镜摄像芯片采集图像信号，并将信号通过镜管的导线，从镜的末端传输到摄像机主机。整个电子内窥镜传输电信号。

2. 不同的组成结构

光学内窥镜由光学成像系统和照明系统组成。光学成像系统由物镜、像转系统和目镜系统组成，照明系统为光纤束。通过物镜所要观察的物体的像通过图像传输系统传送到目镜，再由目镜或附在目镜上的摄像系统进行放大观察。照明部分采用冷光源配合光纤的方法，为了传输清晰的图像，有效的不锈钢插入部分设计了多个光学元件组成的图像旋转透镜系统，内部的图像通过光线传输，不会失真到人眼的检测，因此光学内窥镜成像非常逼真，清晰度最高。

光学内窥镜包括：光学硬管镜、光学半硬管镜、光学软管镜。

电子内窥镜不通过光学透镜引导图像，也不通过光纤传输图像。而是利用内窥镜前端的电荷耦合器件(CCD)或互补金属氧化物半导体(CMOS)作为图像传感器，将光信号转换为电信号，再经图像处理器处理，在监视器上获得真实的高清图像。电子内窥镜外径较小，图像显示清晰度高，照度强。电子内窥镜系统主要由光源、图像处理器、显示器、电子内窥镜及配件等组成。电子内窥镜显示器上图像显示的特点是亮度高，使用寿命长，探头灵活，可随意改变观察方向，图像清晰，观察方便，便于图像数据保存和后处理。

电子内窥镜包括：电子硬镜、电子软镜。

3.不同的应用程序

医用光学硬镜主要包括：

口腔医学：口腔内窥镜

耳鼻喉科：耳镜、鼻窦镜、喉镜、甲状腺镜

神经内科：脑室镜、神经内窥镜

胃肠病学：食管镜、直肠镜

外科：腹腔镜、胸腔镜、纵隔镜、胆道镜

泌尿外科：膀胱镜、电镜、经皮肾镜

妇科：子宫镜检查

骨科：关节镜、椎间孔镜、椎间盘镜

其他：3D内窥镜

医用电子内窥镜主要包括：

胃镜检查：电子食管镜、超声电子食管镜、电子胃镜、超声电子胃镜、电子肠镜(十二指肠、小肠、结肠)

呼吸科：电子鼻咽镜、电子支气管镜

外科：电子腹腔镜、电子胆道镜

泌尿外科：电子输尿管镜

其他：胶囊内窥镜、三维电子镜