吉林医学院：学生应在学院内完成学业，原则上不允许转专业。只有特长生、特长生和有需要的学生才可以申请，经批准后转专业。

基础医学院成立于1993年11月，前身为空军医学院基础部，设有16个教研室(中心)，教职工204人。1999年7月调入第四军医大学吉林军医学院基础部。2004年8月，吉林军医学院整体划归吉林省独立办学，基础部更名为吉林医学院基础医学院。

目前设有外语、组织学与胚胎学、人体解剖学、生理学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、药理学7个教研室。设有基础医学实验中心，由形态学实验室、机能学实验室、生物化学和分子生物学实验室组成，承担大学英语和基础医学课程的教学和实验任务。基础医学院现有教职工108人，其中教授16人，副教授28人。博士12人，硕士64人。

在部队挂职期间，全体教师在基础医学教学科研工作中积极探索创新，发表学术论文3000余篇，编著出版专著和教材50余部，有78项成果获得军队科技进步奖。分子生物学实验室和生理机能实验室是军队重点实验室。先后有4人被评为“全军优秀教师”，1人被空军评为“先进工作者”，4人获总后勤部“教育奖”银奖，42人获教学科研三等功。

2004年从部队转业到地方后，基础医学院校全体教师积极调整办学思路，转变教育观念，顺利完成了从军事医学到普通医学高等教育的转变，在短时间内取得了诸多成绩。1人被评为吉林市劳动模范，1人被评为吉林省女劳模，1人被评为吉林省教育系统先进个人。以窦教授为首的《组织学与胚胎学》专业课被评为国家精品课程，潘文干教授主编的卫生部医学专业规划教材《生物化学》(第五版)获2005年“全国高等学校优秀医学教材”一等奖。以窦教授为首的临床医学专业(生殖医学方向)为国家规划建设的一级特色专业建设点，人体解剖与组织胚胎学被确定为吉林省。组织学与胚胎学教研室被评为省优秀教学团队；获省级教学成果二等奖1项，三等奖1项，省级教学技术成果二等奖1项，三等奖2项，省级科技进步三等奖1项，吉林省科技进步一等奖1项；中药抗微波辐射研究实验室为吉林省中医药管理局二级科研实验室，辐射损伤防治实验室被确定为吉林省高校重点实验室和吉林省卫生厅重点实验室，分子生物学实验室为吉林省中医药管理局二级科研实验室。国家级精品课程1门，省级精品课程6门，省级精品课程6门。承担国家、省、市、院校发起的教学科研项目40余项，出版卫生部规划教材10部，出版其他教材22部。