在游戏故事开始的14年前，一场阴谋正在中美洲的湖边小镇寂静岭酝酿。由于自内战以来寂静岭的鬼魂太多，当地人有崇拜恶灵萨马尔的传统。当地的一个秘密邪教组织，在一个名叫达丽雅的老巫婆(主要成员是达丽雅，当地医院的医生，考夫曼)的策划下，用仪式生下了一个拥有邪恶力量的婴儿——而那个婴儿就是达丽雅的亲生女儿阿蕾莎阿蕾莎。

但仪式的结果是阿蕾莎只得到一半的邪恶魔法。达丽雅的仪式失败了，但她并不甘心。她想尽一切办法诱导7岁的阿蕾莎给她神力。聪明的阿蕾莎知道妈妈不怀好意，所以总是委婉地拒绝。达丽雅采取了极端手段，和考夫曼一起把阿蕾莎锁在湖边的小房子里，并放火焚烧，导致半个寂静岭被烧毁。在火灾中，阿蕾莎被严重烧伤，并被诅咒致死，并被转移到当地医院的秘密地下疗养院接受护理(美丽的护士丽莎照顾她)——这是因为达丽雅认为阿蕾莎的魔法可以通过肉体折磨唤醒，但即使这样也无果而终。

7年后，出于无奈，邪教举行了第二次仪式，让拥有另一半魔力的孩子出生。丽莎护士出于阿蕾莎的悲惨经历和正义感，设法将孩子偷偷带出医院，藏在了郊区。结果孩子被主角哈利和他的女朋友在玩耍的时候捡到，取名谢丽尔，成为他的养女。丽莎的行为被考夫曼发现，最终被杀害。

又过了七年，达丽终于注意到了雪莉的行踪，于是她被魔法召唤到了寂静岭，哈利也被“召唤”了。她在哈利必经之路制造了阿蕾莎7岁的假象，导致哈利的车出了事故(但没想到“带”来了镇上的一个女警，碧儿)，哈利本人也陷入了昏迷。达丽娅施了一个咒语，将哈利、雪莉、比尔和考夫曼的无意识灵魂(因为他们有一个平分魔法的协议)吸引到她创造的寂静岭的幻境中——一个充满怪物却没有人的世界，只有白天和雾。与此同时，在医院地下的阿蕾莎感觉到了雪莉的到来，于是她用自己的魔法创造了一个“寂静岭”幻境(这个寂静岭总是下雨，充满了无尽的黑暗)，并把自己藏在里面以躲避邪恶的母亲。当然，她也感觉到了哈利的存在，所以在接受雪莉进入她的寂静岭黑暗世界后，她直接用自己的僵尸娃娃“杀死”了哈利。

但是哈利没有死，女巫认为这个人可以利用。她救了哈利，带他去了她自己世界里的一家咖啡馆见了女警。接下来，她让哈利继续寻找线索(她也在找雪莉)，不料，在学校里搜索时，她在那里抓到了雪莉。阿蕾莎意识到雪莉已经被捕，觉得为了不让达丽亚得逞，必须阻止哈利继续寻找(因为一旦哈利得到达丽亚的帮助，他很可能会找到她的位置)，所以在哈利进入钟楼后，他把学校变成了自己地狱般的黑暗世界，以此来威慑哈利放弃寻找。但是哈利对女儿的爱是不可动摇的。他破坏了阿莱萨在学校设置的“防线”后，继续向医院前进。大丽花看到这一幕喜出望外。她更加坚信哈利可以帮她抓住阿蕾莎，于是给了他一个神圣的立方体(可以削弱阿蕾莎的魔法)。在医院里，阿蕾莎再次进行了层层防御，并展示了护士丽莎的灵魂，控制她的灵魂来拖住哈利，让他放弃寻找——结果当然是失败了。于是剧情就这样发展下去，直到哈利接近了阿蕾莎在公园附近的真正藏身之处。阿蕾莎不得不控制女警Xi比尔来阻止哈利，但哈利用他在医院得到的红色药水(考夫曼制造)破解了它。阿蕾莎不得不亲自现身来对付哈利。然而，她立刻被棱镜立方体吸引住了。这时达丽雅出现了(她最终利用哈利抓住了阿蕾莎，如果她进入阿蕾莎的世界去抓她，阿蕾莎只会把自己藏得更深)。她带走了阿蕾莎，这样她就可以和雪莉结合，让恶灵降临。

哈利终于弄明白，它其实是被人利用了。他只能亲手结束这一切。经过一系列的冒险，在达莉娅举行的仪式上，他和考夫曼(哈利救过他一次，他认为达莉娅想独自拥有她的魔法，前来阻止她)用最后一瓶红色药水赶走了已经结合在阿蕾莎体内的恶灵，摧毁了他的身体。达丽雅在这一战中被恶灵杀死，她得到了应有的报应。考夫曼也被丽莎拖进了地狱——他罪有应得。

恶灵被消灭了，阿蕾莎也做不到(她被严重烧伤后的生命是靠魔法支撑的)。她感谢哈利帮她摆脱了母亲的魔爪。因为哈利失去了女儿，她给了它作为补偿，让它变形为一个有着纯洁灵魂的女婴(也就是《寂静岭3代》的主角)，给哈利和女警官指明了逃离自己即将崩溃和死亡的黑暗世界的道路。哈利和比尔终于逃出了寂静岭。